雨水較多時雞舍必須全面徹底地進行消毒。否則，易發生疫病。

使用藥物消毒常用的消毒藥物有：苛性鈉、石灰乳、草木灰、漂白粉、來蘇兒、福爾馬林和新潔爾滅等。消毒時藥液的用量要足，消毒要充分，使病原微生物完全浸泡在藥液中。地面消毒應特別注意接縫處，因為這些地方是病菌、病毒和蟲卵集中潛藏的地方。

消除各種污染物首先將雞舍徹底清掃一遍，然后用清潔的水徹底沖洗地面、墻壁等。沖洗時，水流要急，壓力要大，把殘留的黏附物沖洗掉。