1、應在最初癥狀（糞中帶血）出現時，就應用藥物治療。

2、緩解癥狀，抑制球蟲的發育，促進機體迅速產生免疫力。

3、合理地制訂用藥方案：根據實際情況合理地制訂抗球蟲藥物用藥方案，能提高抗球蟲藥物的作用效果，最大限度地延緩球蟲耐藥性的產生，這是應用抗球蟲藥物的關鍵。

（1）輪換用藥：輪換用藥是使用一種抗球蟲藥物一段時間以后換用另一種抗球蟲藥物，一般3個月至半年為期限進行輪換。輪換用藥是通過改變不同化學結構和作用方式的藥物來預防和控制球蟲病，因而能較大限度地阻止球蟲產生耐藥性作用，效果較好。

（2）穿梭用藥：在同一批雞中使用兩種不同的抗球蟲藥，抗球蟲藥物的化學結構和作用方式不要相同，并且在球蟲高發階段使用高效抗球蟲藥物。由于針對不同生長階段用藥，因此穿梭用藥在一定時間內效果較好，并能延緩耐藥性的產生。

4、藥物選擇 ： 應選擇抗球蟲譜廣的藥物。因為抗蟲譜廣的藥物，能夠完全抑殺禽類的多種屬球蟲。