1、和慢性呼吸道病的區別。慢呼是由于敗血霉形體引起的，剖檢時氣囊內有黃色干酪物，使用泰樂和強力霉素后，可以得到很好的療效。而流感用以上藥物效果不明顯。

2、和環境不良引起的大腸桿菌病相區別。當雞舍環境不良時，會給雞群造成較大的應激，使機體抵抗能力下降，導致慢呼和腸炎的發生，并因此繼發大腸桿菌病。當雞群一但感染禽流感H9病毒后，病毒在呼吸道黏膜上復制，造成黏膜的損傷，大腸桿菌就會乘虛而入，因此繼發大腸桿菌病。

3、和高致病性禽流感相區別；高致病性禽流感表現在短時間內出現食欲廢絕，體溫驟升，精神高度沉郁，雞冠發紺，頭臉部水腫，伴隨大批死亡，出現此臨床癥狀時，不可給藥治療，應立即撲殺。