1、雞傳染性法氏囊病與硒和VE缺乏癥都出現肌肉出血，但缺硒和缺VE時無法氏囊病變，飼料中補充硒和VE后，病癥逐漸減輕或消失。

2、雞傳染性法氏囊病與雞新城疫都有可能出現腺胃乳頭及其它器官出血，但雞新城疫病程長，有呼吸道和神經癥狀，無法氏囊特征性病理變化。

3、雞傳染性貧血多發生于1～3周齡的雛雞，病雞骨髓黃染，翅膀或腹部皮下出血（又稱藍翅病)，胸腺、法氏囊萎縮。

4、發生住白細胞原蟲病的雞表現雞冠蒼白、精神沉郁、內臟器官和腎臟出血以及胸肌、心肌等部位有小白色結節或血腫，結腸上有小的囊腫。