抗球蟲藥的種類很多，如聚醚類離子載體抗生素有：莫能菌素、鹽霉素、馬杜拉霉素等;化學合成抗球蟲藥如磺胺類、植物堿類等。

在球蟲病高發日齡，使用敏感抗球蟲藥物是預防該病的重要手段之一。當前使用的抗球蟲藥，多是抑殺球蟲發育史的早期階段，而出現血便癥狀時，球蟲發育基本完成了無性生殖而開始進入有性生殖階段，此時用藥，只能保護未出現明顯癥狀或未感染的雞，而對出現嚴重癥狀的病雞，很難收到效果。因此到了易感日齡(2周以后)或流行季節，應在飼料或飲水中投藥進行預防。

有球蟲病史和球蟲病常發的地區可根據本地實際情況選擇用藥。用藥時注意用藥劑量及治療療程，科學合理預防與治療用藥。