肉雞腫頭綜合征主要發生于肉用仔雞和育成雞，主要侵害呼吸道。表現為喘鳴、咳嗽、眼鼻流出分泌物，并伴有結膜，鼻竇和眶下竇及面部腫脹。
產蛋雞發病時死亡率較低。大多數肉用種雞的發病日齡為３０周齡左右或３０周齡以上，其特征為產蛋量或多或少下降，以及數量不一的病雞出現斜頸、定向障礙和精神沉郁等神經癥狀。
約有１０％的精神沉郁的病雞在４８小時內出現臉部明顯浮腫，腫脹從眼眶周圍擴展到整個頭部，并可向下漫延到下頜間的肉髯。病雞用爪搔抓臉部和將頭在肩部磨擦，羽毛被眼、鼻和耳的分泌物所污染，糞便可能出現惡臭氣味。
急性卵黃性腹膜炎，腹腔內可見卵黃和蛋殼碎片。頭部周圍皮下組織充滿膠凍狀滲出物或化膿，在一些嚴重病例中，還出現肉髯的發紺和腫脹。顱骨氣腔中充滿干酪樣物質；中耳感染，鼻甲骨粘膜和淚腺淤血和有點狀出血，眼結膜發炎，有時可見角膜潰瘍。
病理組織學變化主要表現為鼻粘膜上皮細胞變平，纖毛逐漸消失，上皮下層出血，淋巴細胞增生，面部病變部位異嗜性白細胞和淋巴細胞聚集。具有神經癥狀的雞，還可見到腦脊髓膜炎。
