有害的疫苗反應并不能達到免疫的目的，應該盡量避免。有幾種因素能影響疫苗反應的嚴重程度。這些因素包括雞的質量、母源抗體水平、疫苗毒（菌）株和所接種的劑量、免疫途徑、接種時間、免疫抑制、雞舍通風和間隔時間、飲水、墊料和空氣的質量等。

肉仔雞正常的呼吸道疫苗反應通常在接種后4天開始，并維持5天左右。因為1日齡免疫后所產生的抗體的緩沖作用，在田間加強免疫后疫苗反應通常較輕。然而在冬季的幾個月中，當雞舍密閉保溫，空氣交換減少，空氣質量下降，疫苗反應較重。

雞舍中灰塵和氨氣的積累，導致呼吸道疫苗反應更加嚴重，而且在兩次免疫之間不會完全消失。呼吸道疫苗反應通常以流淚、呼吸道羅音和頭部顫抖為特征。