魚病的發生按魚種、魚生長階段、養殖形態、季節、飼養環境而異。所以對魚類的醫藥品的使用方法須對此而選擇方法，無適當藥品時應求換代方法。就魚種而言，魚類的生理、生態因魚種而有大的差異。魚可分為咸水魚、淡水魚、溫水性與冷水性，更分為運動性高者及低者。由此類相異而發生的魚病亦不同。雖同為魚類除同屬或近緣魚類外，同一醫藥品在吸收、排泄、殘留等有極大的變化。魚種種類多，除主要養殖魚種外，目前對水產用醫藥品的研究尚無突破性進展，所以應避免使用準許使用范圍外的醫藥品為重。

種苗階段為魚類養殖的出發點，實為魚病發生的重要時期。此時期的投藥方法以藥浴最適合，有效藥浴劑主為鶭喃系藥劑，但最近時常發現藥物殘留污染，使用鶭喃系藥劑應特別注意停藥期。收容於魚池，網生簣的種苗須行餌飼，逐漸進入正式給餌，此時期初為稚魚，後為幼魚。由餌飼、餌的轉換引起的生理失調等容易招致魚病。此時期亦為成長最顯著時期，但生理的不安定，而且自春季至梅雨期，季節變化最顯著，亦為病原生物及寄生 最容易發生的時期。養殖管理上因換魚池，選別等而移動魚機會最多時期，亦較易發生。因此稚魚、幼魚期魚病發生多，如何防止此時期魚病乃為重要課題。

幼魚進入成魚時期生理、生態均趨安定，一般的魚病發生少，但過密收容，餌的過剩投與不適的養殖管理將引起魚病的發生，此時期投與方法均由飼料添加行之。養殖魚普通為數千萬個體的集團，投藥時同時處理，所以可采取手段為飼料添加或藥浴兩種方法。飼料添加以一只魚體每kg給幾g計算，但一日應給與藥劑總量以一池、一簣全部魚體重計算。此時算定投與量基礎的池中或生簣中魚群的總重量及投與群的攝取量必須正確把握。混合於飼料的藥，投與時須防其散逸，尤其海面養殖時，使用生魚肉為飼餌者須混合展著劑及配合飼料。投藥的配合至為重要，發病早期投與始能充分獲得投藥效果。病狀進行時魚的攝餌量低下，投藥困難。所以魚群發生魚病時，愈早治療愈好，平時不斷觀察池及生簣中魚的健康狀態(攝取狀態、游泳行動、斃死魚的出現)至為重要。

養殖魚發生魚病時，魚群中有癥狀進行者，初罹病者及健康魚混在一起為常見之事。重癥魚離群浮於水面上，集於池或生簣邊，所以僅早抽出病魚予以燒卻，不但可防止病原體的擴散，亦為防止魚病的最佳處理方法。為使病魚能充分攝取藥品，先給不含藥物飼料使食欲旺盛健康魚充實某程度食欲後始給含藥飼料或投藥前減少給餌量，提高食欲後投與之。投藥料需要極細心的照顧始能收效。投藥開始後死亡魚漸次減少，經1至2周後死亡完全停止。投藥後死亡魚的大部份為開始投與時已失去食欲而不能攝取藥劑或不能充分攝取者。

魚類中有超過平均攝取量甚多者，因此有效量的2至3倍攝取量將呈副作用的醫藥品，不能以飼料添加劑供用，其安全性應認為不適當。投藥雖以池、生簣單位施行，但在內水面養殖時，利用同一系的水或者如海面養殖在共同水域水面養殖者，按魚病發生規模有不能僅以池或生簣為單位實施，須共同水面業者一同投與始能充分防治魚病者。

治療用藥浴劑由目的分為二，其一為殺滅寄生於鰓皮膚的微生物及寄生 為目的，其二為由鰓吸收後治療細菌等感染癥。

藥浴劑的利點與飼料添加劑不同，不受食欲的有無，程度所左右，可期待有效成份必要量的吸收，但按癥狀輕重吸收能有無影響尚未明。養魚池水量大所用藥約達飼料添加劑的數10～100倍。所以藥浴僅適於容易得弧菌病、鰓病及寄生 病的稚魚、幼魚以及移動、換池、選別時魚病防止的投與方法。為節省藥用量先將藥劑溶於水內浸漬一定量魚群的方法普遍被應用，但鰻為避免緊迫，減少損耗則不取出鰻而采降下池水位，在止水狀態一面送風一面於池內藥浴。

醫藥品投與魚時魚體內醫藥品的殘留受水溫、個體差、投與後給餌狀態的影響相當大，普通水溫上升10℃，魚的代謝將增高2倍，水溫增高魚將變為活潑，水溫降低行動將變為遲鈍，醫藥品的殘留亦將延長。按魚個體而醫藥品的攝取量參差不一，而且按投藥後給餌狀態而殘留時間的長短亦不同，普通無給餌者殘留延長較久。惟有關此類試驗成績資料累績不多，故為求充分安全，防止市售魚類殘留醫藥品影響人的健康，特設定較長的水產用藥之停藥期間。