1、支原體與傳染性鼻炎的區別 ： 鼻炎發病時面部腫脹，流鼻液、流淚等癥狀與支原體相似，但鼻炎發病率高，傳播速度快，且剖檢通常見不到氣囊病變及臨床中的呼吸羅音。
2、支原體與傳染性支氣管炎的區別 ： 雞傳染性支氣管炎為病毒性疾病，雞群發病較急，幼雛常伴有腎臟病變，成年雞產蛋量大幅度下降并出現畸形蛋，各種抗菌藥物無效。
3、支原體與喉氣管炎的區別 ： 雞傳染性喉氣管炎為病毒性疾病，全群雞發病急，嚴重呼吸困難，咳出帶血的黏液，很快出現死亡，各種抗菌藥均無直接療效。
4、支原體與雞新城疫的區別 ： 雞新城疫表現全群雞急性發病，癥狀明顯，雖然呼吸道癥狀與慢性呼吸道病相似，但消化道嚴重出血，并且會出現神經癥狀，這易與慢性呼吸道病相區別，雞新城疫可誘發慢性呼吸道病，而且其嚴重病癥會掩蓋慢性呼吸道病，往往是新城疫癥狀消失后，慢性呼吸道病的癥狀才逐漸顯示出來。
5、雞支原體與維生素A缺乏癥的區別 ： 維生素A缺乏癥表現眼中蓄積白色豆腐渣樣滲出物，不發黃，食管、嗉囊等黏膜上有許多白色小結節，腿腳褪色，抗生素治療無效，而且魚肝油治療效果很好。
