在肉雞群中無論地上平養或網上飼養，雞腸毒綜合癥都普遍存在，造成的隱性經濟損失巨大，往往被飼養戶和獸醫工作者所忽視。造成雞腸道綜合癥的原因有小腸球蟲的感染、細菌感染、腸道內的酸堿平衡失調、電解質大量流失、自體中毒、飼料因素等因素。

1、細菌感染：細菌能引起腸炎，也是肉雞腸毒綜合癥的病因之一：如沙門氏菌、產氣夾膜梭菌等，通過刺激破壞腸道黏膜，同時引起炎癥使腸蠕動速度加快，消化液排泄過量，飼料通過消化道的時間縮短,導致消化不良。

2、小腸球蟲的感染 小腸球蟲的感染是本病的主要原因之一。小腸球蟲主要寄生于腸粘膜上皮細胞中，當其大量生長繁殖時，必定導致腸粘膜增厚，水腫，嚴重脫落及出血等病變，則幾乎使飼料不能被完全消化吸收，同時對水份的吸收也明顯減少，盡管雞大量飲水，也會引起脫水現象，所以發病雞群所排的糞便就很淡薄且不成形，內含有沒有被消化的飼料。

3、病毒感染：病毒也是引起腸毒綜合癥的誘因之一；如呼腸弧病毒引起腸炎，損害腸道的吸收功能。

4、藥物中毒：長時間用藥，使藥物對腸道粘膜造成損傷，引發腸炎。

5、電解質大量流失：由于球蟲和有害菌大量生長繁殖導致消化不良和腸道吸收障礙，使電解質吸收減少，同時，由于大量的腸粘膜細胞迅速碎裂崩解，使電解質大量流失，出現生理生化障礙，特別是鉀離子的大量流失，會導致心臟的興奮性過度加強，這也是肉雞猝死癥明顯增多的主要原因之一。

6、自體中毒：在發病的過程中，大量的腸道上皮細胞碎裂，在細菌的作用下，發生腐敗分解，以及脫落的腸粘膜、死亡的蟲體等在體內發酵分解產生大量有毒物質，同時，腸道內異常菌群分泌的毒素均會被機體吸收后發生自體中毒，出現興奮不安、尖叫、癱瘓而衰竭死亡等癥狀。

7、飼料因素：飼猜中大量的能量、蛋白質和部分維生素能促進細菌與球蟲的大量繁殖，加重癥狀。所以營養越豐富，發病率就越高，癥狀就越嚴重。而飼喂品質較低的飼料相對發病較低。另外霉變飼料也能加重病情。

8、腸道內的酸堿平衡失調：由于季節、飼料、病原微生物等原因引起腸道菌群失調，產生大量乳酸，使腸道內PH值嚴重降低，腸道內環境發生改變，有益菌減少有害菌大量繁殖，又由于此時腸道處于厭氧環境，魏氏梭菌、腸梭菌等厭氧菌會大量繁殖，有害菌與球蟲相互協調而加強了致病性。這樣就會造成有益菌減少，而有害菌大量生長繁殖，特別是大腸桿菌、沙門氏菌能加重致病性。菌群所分泌的毒素增多，刺激腸道粘膜使腸蠕動加快，消化液排出增多，飼料通過腸道的時間縮短，消化不良，未消化的飼料隨同脫落的粘膜一起排出體外，形成特征性的西紅柿樣或魚腸樣糞便。