鴨蛋極容易污染，受到細菌污染，是胚胎死亡的原因之一。所以被污染的鴨蛋須經過消毒，消過毒孵化率可以提高20％左右，消毒的方法有：

1、浸洗　用1%氯氨溶液，或碘溶液（碘5克，碘化鉀8克，水1000毫升），浸洗種蛋10～15分鐘，待充分干燥后即可孵化，浸洗時溶液溫度為35℃～40℃，浸洗的蛋可保存3～5天。

2、熏蒸　按1立方米用40%福爾馬林23毫升、高錳酸鉀5克的標準。將盛滿種蛋的蛋盤放消毒架上，然后用塑料薄膜罩好消毒架，即可將福爾馬林倒入放在地上的盆內，跟著就倒入高錳酸鉀，立即封嚴。半小時取出種蛋就可以孵化。