定期進行消毒對防治鴨病具有積極作用。應該選用有機氯等高效低毒的消毒藥，目前用于肉鴨養殖場環境消毒的藥物有：醛類（甲醛、戊二醛）、堿類（如燒堿、生石灰）、鹵素類（氯制劑有漂白粉、消毒王、滅毒威等）、過氧化物類（如過氧乙酸）、季胺鹽類（如百毒殺）。制定消毒程序，一般10－15天進行一次帶鴨消毒，5－7天一次環境消毒。同時，疫苗預防必不可少，要加強疫苗的防疫，結合當地疫病制定合理的免疫程序，雖然肉鴨生長周期短，但是藥物預防不能代替疫苗預防。