有些蠕蟲或球蟲容易對某種長期使用的藥物產生耐藥性。為避免耐藥性產生而使藥物療效降低，甚至無效，導致經濟損失，可采用輪換用藥、穿梭用藥和聯合用藥的方法。

輪換用藥是指一種抗寄生蟲藥連用數月后，換用另一種作用機理不同的抗寄生蟲藥。

穿梭用藥是指在不同的生長階段，分別使用不同的抗寄生蟲藥物，即開始時使用一種藥物，到生長期時使用另一種藥物。

聯合用藥是指在同一飼養期內使用2種或2種以上的抗寄生蟲藥物。