接種了疫苗還發病的原因有以下幾種：

疫苗接種的時間不適宜

據了解，有些養雞戶對購進來的雛雞是否有母源抗體方面的知識知之甚少，并且也很不在乎；有的農戶固然對這方面的問題比較留意，可是對炕房孵化用的種蛋及其種雞在產蛋前是否用法氏囊滅活疫苗接種過不了解（特別土炕孵的草雞蛋），所以對自己購的雛雞母源抗體不清楚。這樣，農戶難以確定接種疫苗的正確時間，有相當部分養雞戶對什么時候進行疫苗接種帶有盲目性，其免疫效果也就存在不確切的可能性。

假如接種的時間過早，則會中和雛雞體內母源抗體，被中和的這些雞疫苗就起不到免疫作用而還會發病；若疫苗接種的時間過晚，因雛雞體內母源抗體低，則可能在預防接種前已被病毒感染而發病。所以，有些養雞戶固然對自己購來的雛雞進行了法氏囊滅活疫苗的接種；但由于接種的時間不適宜，仍然有可能會發生傳染性法氏囊病。

疫苗使用方法不正確

近些年來常用的法氏囊滅活疫苗其使用方法一般有兩種：一種是混在水里通過飲水進行接種；另一種是通過滴服進行免疫接種。有些養雞戶將兩種方法混為一談，往往圖省事，把原本應該滴服接種的疫苗改為飲水接種，因其使用方法不當導致免疫失敗；另外，有的養雞戶固然利用飲水接種疫苗的方法正確，但因使用的自來水帶有消毒藥，或者使用金屬類飲水器，或者停水時間不當，或者疫苗飲水時間太長（超過兩小時以上）等，造成疫苗效價降低，從而影響了免疫效果。

其他原因

由于環境污染，消毒不嚴，飼養治理制度執行不嚴格等，造本錢病的發生與傳播。另外，有些農戶飼養雞的密度過大，透風不好，還有的飼料霉變，營養標準降低，維生素及微量元素不全等也可誘發法氏囊病。

假如使用的法氏囊滅活疫苗毒株和本地抗原不一致，固然進行了正確的預防接種也不能到達免疫的目的，雞仍然可能發病。

接種疫苗的適當時間及方法

對無母源抗體或母源抗體很低的雛雞，要盡早進行法氏囊滅活疫苗的預防接種，可在雛雞1日齡～3日齡和10日齡～14日齡時各接種一次。

對已經了解的有高母源抗體的雛雞，可推遲疫苗接種時間。宜在18日齡～21日齡時進行首免，在26日齡～28日齡時再進行第二次預防接種。

對母源抗體良莠不齊的雛雞群，可選用中等毒株的疫苗，在雛雞14日齡和21日齡時先后各接種一次疫苗。

在污染嚴重和常發病地區，應在雛雞第5周齡時再進行一次預防接種，以加強免疫。

發病后的補救措施

在加強飼養治理和嚴格執行衛生防疫制度的情況下，假如仍有法氏囊病發生，可采取以下補救措施：

緊急進行預防接種。一旦發病并確診后，發病早期可選用中等毒株的法氏囊滅活疫苗雙倍量滴服或飲水進行緊急接種。

對病雞隔離并采取快速有效的治療方法。可注射高免蛋黃或血清，或用某些中藥輔助治療。