改善鴨場的飼養管理和衛生條件，盡量減少不良應激，建立合理完善的消毒和防疫制度。我國目前應用較多的是各種佐劑的滅活苗，采用滅活疫苗免疫鴨群，一般需要免疫兩次才能得到較為有效的保護力，肉鴨在7～10日齡進行首次免疫，每只肌肉注射或皮下注射0.2～0.5毫升，相隔1～2周后進行二免。由于鴨疫里默氏桿菌的血清型較多，不同地區、不同時期流行的血清型有所不同，甚至同一鴨場、同一批鴨群也可能同時存在多個血清型，而且本病常常繼發大腸桿菌病，因此有條件的鴨場可針對當地流行血清型，自行篩選相應同型菌株研制疫苗，或委托高等院校和科研院所制作多價“鴨疫里默氏桿菌+大腸桿菌”二聯滅活疫苗進行預防接種。