隨著人們對球蟲疫苗認知度的提高，球蟲疫苗的應用也越來越廣泛，但是有些藥物會干擾球蟲免疫的建立，現介紹如下。

第一類，抗球蟲專用藥物

所有抗球蟲專用藥物均對球蟲疫苗有強大的殺滅或抑制作用，此部分藥物包括離子載體類 （如馬杜霉素、拉沙洛霉素、海南霉素、賽杜霉素、莫能霉素、那拉菌素、拉沙菌素、鹽霉素等）、喹啉類（如癸氧喹酯）、抗硫胺素類（如氨丙啉）、吡啶類（如氯羥吡啶）、酰胺類（如球痢靈）、均苯脲類（如尼卡巴嗪）、均三嗪類（如地克珠利、妥曲珠利）、植物堿類（如常山酮）、雙胍類（如氯苯胍）、乙氧酰氨苯甲酯等等抗球蟲藥。

第二類，四環素類藥物

四環素類藥物的抗菌譜廣，對多種革蘭氏陽性和陰性菌及立克次氏體、支原體、螺旋體、球蟲等均有效，其中多個成分還有很好的促生長作用，常作為抗菌促生長劑使用。此類藥物包括強力霉素（鹽酸多西環素）、金霉素、土霉素以及四環素等。

第三類，磺胺類藥物及增效劑

磺胺類藥物及增效劑的抗菌譜廣，同時對多種原蟲包括球蟲感染具有很好的治療作用，目前臨床上治療雞球蟲病的首選藥物多數是磺胺類藥物，如磺胺氯吡嗪、磺胺喹噁啉、磺胺二甲基嘧啶等。對球蟲疫苗有顯著殺滅作用的包括所有磺胺類藥物及其增效劑甲氧芐啶（TMP）。

第四類，有機胂制劑

有機胂制劑由于有很好的抗菌促生長作用，同時也有較強的抗球蟲作用而以飼料添加劑形式被應用于畜牧生產之中。此類藥物包括洛克沙胂、阿散酸。

第五類，復方藥物制劑

當前，由于養雞生產過程中細菌感染經常發生，抗菌藥物被濫用，抗藥性問題突出。為了提高藥效，許多獸藥廠商在組方用藥時加入增效劑，或多種藥物聯合使用。這類復方制劑往往含有抗球蟲活性成分，不適宜用于球蟲免疫雞群，尤其是不能用于抗球蟲免疫力建立的早期階段，亦即免疫接種球蟲疫苗后1~2周內。例如，三甲氧芐氨嘧啶 （TMP）、二甲氧芐氨嘧啶 （DVD）屬增效劑，與喹諾酮類（如氧氟沙星、蒽諾沙星、環丙沙星、氟哌酸）、氨基糖苷類（如慶大霉素、卡那霉素、硫酸新霉素）、氯霉素類（如氟苯尼考、甲楓霉素）、紅霉素類（如紅霉素、泰樂菌素、替米考星）等藥物有很好的增效作用，所以部分獸藥廠家在以上藥物制劑中添加增效劑，如果選用上述復方制劑，會嚴重干擾抗球蟲免疫效果。氯霉素類藥物與強力霉素聯合使用有增強抗支原體感染的作用，部分獸藥廠商將其組成復方制劑，經球蟲疫苗免疫接種2周內的雞群亦不能使用此類復方藥物。