鴨副傷寒常在孵出后數天內沒有明顯癥狀而大批死亡。雛鴨發病后，食欲消失，渴欲增加，下痢，稀糞呈綠色或黃色水樣;精神委頓，怕冷，兩翼下垂;肛門周圍有糞便沾污;患眼結膜炎，眼半開半閉;鼻流出漿液性或黏性分泌物。患鴨縮頸、顫抖、步態不穩，進而突然倒地、痙攣抽搐、頭向后仰，持續2～3分鐘后死亡。
剖檢顯示病變肝臟腫大，邊緣鈍圓，呈紅色或古銅色;肝實質常有灰白色或灰黃色的小壞死灶 (小結節);膽囊腫脹充滿膽汁。腸黏膜充血出血，;盲腸內有干酪樣物質形成的栓子;腎臟腫大，色澤蒼白，呈花斑樣;肝臟腫大，成暗紅色;氣囊膜混濁不透明，常附著黃色纖維素性滲出物。慢性病例常見心臟有壞死小結節，肺出現局灶性炎癥。帶菌母鴨可見卵巢及輸卵管變形和發炎，有時可發現腹膜炎。
