慢性禽流感多發于野禽中，通常患病野禽只會顯現輕微癥狀，甚至根本觀察不到任何發病癥狀。各種日齡的家禽都可發生，但臨床主要多發現于蛋禽群，尤其蛋雞、蛋鴨。本病一年四季均可發生，但主要多發于秋冬季節，尤其是秋冬交界、冬春交界氣候變化大的時節。氣候多變，飼養管理不當，密度過大，通風不良，有害氣體過多損傷上呼吸道黏膜，都是低致病性禽流感發生的誘因，也極易造成細菌和病毒的多重感染，尤其是呼吸道病毒最易感染。

慢性禽流感臨床癥狀雞初期表現體溫升高，精神沉郁，叫聲減小，縮頸，嗜睡，采食量減少或急驟下降，嗉囊空虛，排黃綠色稀便。呼吸困難，咳嗽，打噴嚏，張口呼吸。后期部分雞只有神經癥狀，表現頭頸向后仰，抽搐，運動失調，癱瘓等。產蛋雞感染后，蛋殼質量變差、畸形蛋增多，會出現軟殼蛋、無殼蛋、退色蛋等。2天~3天產蛋開始下降，7天~14天產蛋可下降到5%~10%,嚴重的雞可停止產蛋。持續1周~5周產蛋開始上升，但恢復不到原來的水平。一般經1個月~2個月逐漸恢復到90%~70%的水平。種雞還表現種蛋受精率下降20%~40%,并導致10%左右的死胚，苗雛弱雛率增加，10%~20%的雛雞在1周內出現死亡。