選準藥物      不同的微生物對消毒劑的敏感性存在很大差異，不同的消毒場所對消毒劑的要求也各不相同。進行消毒必須選準藥物：殺滅病毒、芽孢，應選用具有較強殺滅作用的氫氧化鈉、甲醛等消毒劑；進行皮膚、用具消毒或帶畜空氣消毒，應選用無腐蝕、無毒性的表面活性劑類消毒劑，如新潔爾滅、洗必泰、度米芬、百毒殺、畜禽安等；進行飲水消毒，應選用容易分解的鹵素類消毒劑，如漂白粉、次氯酸鈣等。
　　配合恰當      為了增強殺菌效果或減少藥物用量，可將2種或2種以上的消毒劑進行配合使用，如使用高錳酸鉀與甲醛進行熏蒸消毒，可以將1％高錳酸鉀混入1.1％鹽酸溶液中，可以將氯化銨或硫酸銨與氯胺以1：1的比例配合使用。但配合要恰當，要注意防止產生物理性或化學性的配伍禁忌，如酸性消毒劑不能與堿性消毒劑配合使用，肥皂、合成洗滌劑等陰離子表面活性劑不能與新潔爾滅、洗必太等陽離子表面活性劑配合使用。
　　濃度合理      不要認為消毒劑濃度越高殺菌作用越強，其實，消毒效應與藥物濃度呈現拋物線關系，濃度太高或太低，消毒效果都不理想，如乙醇的最適消毒濃度是70％～75％，低于50％或高于80％都會影響殺菌效果。另外，消毒劑的濃度調制，必須符合說明書和消毒目標的要求。如菌毒清，用于種蛋消毒時，應按1：400加水稀釋；用于環境、器械消毒時，應按1：500加水稀釋；用于飲水消毒時，則按1：2000加水稀釋。
　　溫度適宜      多數消毒劑的殺菌作用與環境溫度呈正比例關系，即環境溫度越高，消毒劑的殺菌效力越強。一般情況下，溫度每增加10℃，消毒效果將增加1倍。因此，冬季進行消毒時，應設法提高環境溫度，以增強殺菌效果。但是，以氯和碘為主要成分的消毒劑，在高溫條件下，有效成分會很快消失，所以，這些消毒劑不宜在高溫季節使用。
　　濕度合適      空氣的相對濕度會影響消毒效果，如使用甲醛溶液進行熏蒸消毒或使用過氧乙酸進行噴霧消毒時，最適相對濕度為60％～80％，如果濕度太低，應先噴水提高濕度。使用環氧乙烷對服裝、橡膠制品進行消毒時，最合適的相對濕度為30％～50％。
　　水質良好      水質的酸堿度與一些消毒劑的殺菌效果密切相關，如在堿性環境中，洗必太等季胺鹽類消毒劑殺菌作用增強，復合碘類消毒劑則要求ph值2～5范圍內使用，但苯甲酸、過氧乙酸等酸性消毒劑必須在酸性環境中才有效。因此，除了要充分考慮到環境中的酸堿性以外，還要注意選擇水質并進行適當的處理，如過濾、沉淀、滴加酸性或堿性液體，使其ph值符合消毒劑的要求。
　　時間足夠      一般情況下，消毒劑與微生物接觸的時間越長，滅菌效果越好，如用石灰乳進行糞便消毒時，石灰乳與糞便接觸至少應在2小時以上；加熱3％～5％的過氧乙酸進行空舍熏蒸消毒時，應密閉門窗1～2個小時；使用高錳酸鉀與福爾馬林進行舍內空氣熏蒸消毒時，應密閉門窗10小時。 　　
　　清除異物      消毒劑與蛋白質都有不同程度的親和力，如果消毒環境中有血污、膿汁等有機物存在，會與消毒劑結合成不溶性的化合物，阻礙消毒劑發揮殺菌作用，影響消毒效果。因此，在消毒感染創傷或受污染的物品時，一定要先將血污、膿液清除干凈，對車輛、用具、場地、墻壁等進行消毒時，也應先將垃圾和臟物清掃、沖洗干凈。
　　加熱藥液      加熱可以起到消毒的效果，同時還可增強去污能力，使消毒劑的消毒效力大增，使用堿性消毒劑，如氫氧化鈉、草木灰水時，最好先將消毒劑進行加熱。
　　防止腐蝕      很多消毒劑都有腐蝕作用，除了強酸、強堿外，甲醛、復合酚類消毒劑、高濃度的高錳酸鉀溶液等對皮膚、黏膜都有腐蝕作用，漂白粉對金屬有腐蝕作用，過氧乙酸也能刺激眼、鼻黏膜，使用時必須注意，既要防止損壞器具，又要搞好自身防護，如穿隔離衣、膠靴，戴口罩、眼鏡、手套，避免造成不必要的損失。