外源性飼料酶能夠有效地提高飼料原料中營養素和能量的消化利用率，因而可以降低飼料成本，減少對環境的影響。例如，植酸酶可以有效提高諸如玉米和豆粕等含植酸鹽原料中磷的生物學利用率。而糖酶，如木聚糖酶和β-葡聚糖酶，可有效的提高飼料中能量的利用率。

配置全價料必須關注有足夠的與酶相作用的原料底物，例如，植酸酶只有在原料中含有足夠的植酸鹽結合的磷條件下，才能發揮最佳的作用。植酸酶與玉米-豆粕型日糧作用所釋放的有效磷高于小麥-豆粕-肉骨粉型日糧所釋放的有效磷。如不考慮飼料中植酸酶的含量，而僅靠植酸酶來增加有效磷的釋放，就可能導致磷缺乏，從而影響產蛋率，產生痛風和骨軟化癥等問題。同樣，不考慮木聚糖酶和β-葡聚糖酶作用底物存在的話，就可能導致能量攝入不足，出現發育遲緩、蛋重變小和產蛋減少。