1、鴨瘟自然感染的潛伏期一般為2～4天，病初體溫急劇升高達43～44℃。病鴨表現精神沉郁，頭頸縮起，離群獨處，食欲減退或廢絕，喜飲水，羽毛松亂，兩翅下垂，兩腳發軟，走動困難，若強行驅趕則見兩翅拍地而走，走幾步就倒地不起，此時病鴨不愿下水，若強迫其下水，則漂浮水面并掙扎回岸。

2、病鴨眼周圍濕潤、流淚，眼瞼腫脹，有的流出粘性或膿性分泌物使眼瞼粘連不能張開，有的眼瞼外翻，結膜充血、出血或形成小潰瘍。鼻孔流出漿液性或粘液性分泌物，呼吸困難，叫聲嘶啞無力。部分病鴨頭頸部腫脹，俗稱“大頭瘟”。病鴨下痢，排出綠色或灰白色稀糞，肛門周圍的羽毛被污染并結塊。泄殖腔粘膜充血、出血、水腫，嚴重者粘膜外翻，粘膜面有黃綠色的假膜且不易剝離。

3、病后期，體溫下降，體質衰竭，不久即死亡。急性病例，病程一般為2～5天，亞急性約6～10天，病死率達90％以上，個別不死的病例轉為慢性，呈現消瘦、生長發育不良。產蛋鴨群的產蛋量減少，一般減產30％左右，隨著死亡率的增高，可減產60％以上，甚至停產。