消化不良的原因有很多種，，臨床上是多種病因造成的，并不是簡單的飼料、藥物問題，所以要必須仔細觀察，已好對癥治療。

1、細菌性腸炎

本病有的和小腸球蟲病混合感染，但易被后者所掩蓋；有的單獨發病，如梭菌、綠膿桿菌、大腸桿菌等都會引起上皮細胞損壞甚至脫落，使小腸絨毛消化吸收能力下降，從而引起消化不良。

2、寄生蟲

如球蟲、絳蟲、蛔蟲等都會造成腸道黏膜上皮的損傷，從而導致營養物質未經消化就隨糞便排出，引起消化不良。

3、病毒感染

許多病毒感染都會導致肉雞發生消化不良，如呼腸弧病毒、腺病毒、輪狀病毒等。