種蛋產出后在雞舍內進行第一遍消毒，種蛋運到孵化場蛋箱表面噴霧消毒。選蛋前用消毒液洗手，如果種蛋表面不干凈，先在熏蒸柜里三倍量熏蒸，消毒30分鐘后放入蛋庫。如果種蛋較潔凈可以直接歸庫（選蛋室、種蛋庫每天都要清掃、拖地和用菌毒殺噴霧消毒）；種蛋入孵時將蛋車和種蛋一起噴霧消毒后再推入孵化器，機器升溫后進行上蛋消毒（甲醛二倍量熏蒸消毒，避開24小時~96小時胚齡）30分鐘；照蛋時操作人員需用消毒藥洗手，落完后對出雛器進行二倍量熏蒸消毒30分鐘；當大約孵化至20天，有5%雛雞啄殼時，出雛器兩側各放一個紙蛋托，放入福爾馬林自然揮發，用量為6ml/m3~7ml/m3，每4小時放一次，撿雛前2小時甲醛一倍量熏蒸消毒20分鐘。