影響孵化率主要有三大方面，一是種蛋的原因，二是孵化條件未達到，三是種雞的遺傳因素。

1、種蛋的原因

①種蛋的品質：裂縫、污穢、畸形、太大、太小的蛋孵化效果不佳。

②種蛋的保存：短期保存種蛋對孵化率的影響不大，但保存期延長就會導致孵化率不斷下降。保存種蛋的溫度太低，相對濕度不足，通風不良，翻蛋不當，都影響孵化率。種蛋受凍、受振以及消毒不嚴，均可造成胚胎早期死亡增多，胚胎發育受阻，孵化率降低。

2、孵化條件的原因

①溫度：孵化溫度過高過低都會影響胚胎發育，嚴重時造成胚胎死亡。

②濕度：孵化濕度過大過小，都影響蛋內水分代謝，胚胎死亡率高。

③翻蛋：孵化中翻蛋不當或完全停止翻蛋，卵黃容易黏附于蛋殼膜上，影響胚胎運動，造成胎位不正，導致胚胎死亡。

④通風換氣：孵化中通風不良，會出現胎位不正和畸形，胚胎死亡率增高。

⑤供電不穩：在供電不穩的地區或孵化器出現故障，使孵化中停電時間過長，造成溫度降低和機內溫度不均勻，使胚胎發育受阻甚至全部損失。

3、遺傳因素

不同品種或不同品系的孵化率不同;近交種蛋孵化率低，因為雞的致死基因可導致孵化末期的胚胎死亡;雜交種蛋孵化率高。

①種雞周齡：母雞初產期的蛋孵化率低;在30周齡~42周齡產的蛋孵化率最高;以后隨周齡增長而逐漸下降,約在45周齡后，孵化率降低2%~5%。

②母雞產蛋量：雞的產蛋量與孵化率呈正相關，即雞群產蛋量高其孵化率也高;影響產蛋量的因素也同樣影響孵化率。

③種雞營養：日糧中營養不全如缺乏維生素A，孵化初期死胚增多;缺乏維生素D，孵化后期胚胎死亡率高;缺乏B族維生素，蛋白稀薄，孵化中期死胚增加，弱雛增多。礦物元素鈣、磷、鋅、錳等缺乏，孵化率降低。

④種雞管理：雞舍溫度、通風及墊草的狀況不良，造成舍內衛生較差，種蛋受到污染，從而影響孵化率。

種雞感染蛔蟲、雞白痢、雞支原體等病均影響孵化率。有些疾病如雞白痢、雞支原體病等，可以通過帶菌母雞經蛋傳染。尤應注意。