變溫孵化又叫整批孵化，適用于種蛋來源充足情況下所采用的孵化方法。由于鴨蛋大，特別是大型肉鴨種蛋，脂肪含量較高。孵化13天后，代謝熱上升較快，如不改變孵化機的溫度，會造成孵化機內局部超溫而引起胚蛋的死亡。針對不同胚齡的種蛋采取不同的孵化溫度，有利于胚胎的生長發育，特別是減少早期和后期胚胎的死亡。

孵化的第1天溫度為39~39.5℃，第2天為38.5~39℃，第3天為38~38.5℃，第4~20天37.8℃，第21~25天37.5~37.6℃，第26~28天為37.2~37.3℃。第21天以后多數轉入出雛機孵化。采用變溫孵化時，應盡量減少機內的溫差，另外溫度的調整應做到快速而準確，特別是孵化的頭三天。