除藍耳病外，引起繁殖障礙的還有偽狂犬病毒、豬細小病毒、日本腦炎病毒、乙腦病毒、豬瘟病毒以及布氏桿菌、弓形體病等。所以，在臨床上必須注意與上述病原引發的繁殖障礙相區別。

與腹瀉性疫病的鑒別 由于該病的臨床癥狀日漸復雜，已經出現了腹瀉性病例，所以在臨診時應注意與其它導致腹瀉的傳染性疫病(如仔豬黃白痢、傳染性胃腸炎、流行性腹瀉、輪狀病毒感染與仔豬紅痢等)的鑒別。

與偽狂犬病、水腫病的鑒別 該病所產生的瘙癢性和水腫性病理表現及神經癥狀在臨床上要注意與偽狂犬病和水腫病鑒別。