細背孔吸蟲呈淡紅色，體細長，兩端鈍圓，大小為2～5毫米×0.65～1.4毫米。只有口吸盤。腹面有3行呈橢圓形或長橢圓形的腹腺。兩個分葉狀睪丸，左右排列于蟲體后部。卵巢分葉，位于兩睪丸之間。生殖孔開口于腸分叉后方。蟲卵大小為15～21微米×12微米，兩端各有1條卵絲，長約0.26毫米。

成蟲在宿主腸腔內產卵，卵隨糞便排到外界，在適宜的條件下，經3～4天孵出毛蚴。遇到中間宿主圓扁螺后毛蚴鉆入其體內，發育為胞蚴、雷蚴和尾蚴。成熟尾蚴在同一螺體內或離開螺體，附著于水生植物上形成囊蚴。禽類因啄食含囊蚴的螺螄或水生植物而遭感染，童蟲附著在盲腸或直腸壁上，約經3周發育為成蟲。