胚胎對冷卻階段具抵抗力，但是短時間的熱應激會導致胚胎畸形，胎位不正或可能會是致命的。不是只讓孵化器溫度計劃按常規發展，謹慎的做法是監控蛋殼溫度以防胚胎過熱。這可以使用相對便宜的紅外線溫度計如 Braun Thermoscan來達到效果，該溫度計在孵化器所需的溫度范圍內能準確工作。必須檢查蛋赤道上的表面溫度，而不是氣室的溫度。

所有孵化器都有“熱點”和“冷點”，且在孵化16-18天檢查熱點的胚胎沒有遭受熱應激是很重要的。理想的蛋殼溫度為 37.8°C (100°F) ，但是到孵化末期，蛋殼溫度增加到38.3°C (101°F)是很正常的，且基本沒有影響。但是，蛋殼溫度高于這個溫度是有害的，且39.4°C (103°F) 以上的溫度會對孵化率和雞雛質量產生有害作用。