1、季節性原因，秋季家禽腹瀉的內因是酶在家禽胃腸道內的發育成熟期活性較差，營養需要相對較高，腸道負擔重，造成胃腸調節機能較差，免疫功能也相對不夠成熟；外因主要是由于氣溫逐漸加大，雨水多，家禽因此飲用污水的機率也大了，以致病原微生物大量繁殖，使家禽在秋季更易患上腸道疾病。

2、飼料主要成分的改變(如新玉米的更換，再加上玉米價位遠高于小麥，因此用小麥替換玉米是普遍現象）造成家禽胃腸道消化率低下。

3、濫用消炎藥，促使胃腸道菌群失衡，引起厭氧菌等的局部優勢而發病。

4、本病經常與小腸球蟲并發或繼發，且極易被后者所掩蓋。

5、衛生條件太差也是一條重要的原因。

6、輪狀病毒等的侵襲。

7、飼料霉變。