消毒工作是畜禽傳染病防控的主要手段之一，各級動物防檢機構和所有養殖場對此要高度重視。筆者根據多年的實踐經驗，將其要點闡明如下。
　　保證消毒效果消毒目的要明確因為消毒目的不一樣，所使用的消毒藥也不一樣；所要稀釋的濃度不一樣，采用的消毒方法也不一樣。
　　先將環境清潔后再進行消毒這是保證消毒效果的前提和基礎，因為畜禽的排泄物、分泌物、灰塵、糞便和污物等有機物，不僅可阻隔消毒藥，使之不能接觸病原體，而且有機物還能與許多種消毒藥發生化學反應，明顯地降低消毒藥物的藥效。
　　選擇消毒藥物要準確和注重效果有選擇地確定消毒目的，如想殺滅病毒，則選擇殺滅病毒的消毒藥；如想殺滅某些病原菌，則選擇殺滅細菌的消毒藥。許多情況下，還要將殺滅病毒和細菌甚至真菌、蟲卵等幾者兼顧考慮，選擇抗毒抗菌譜廣的消毒藥，這樣才能做到有的放矢。同時，應根據消毒目的，是平時預防性的，還是撲滅正在發生的疫情，或周圍正處于某種疫病流行高峰期而本養殖場受到威脅時的消毒，以此來選擇藥物的稀釋濃度，以保證消毒的效果。
　　藥物的配制和使用的方法要合理目前，許多消毒藥是不宜用井水稀釋配制的，因為井水大多為含鈣、鎂離子較多的硬水，會與消毒藥中釋放出來的陽離子、陰離子或酸、堿離子發生化學反應，從而使藥效降低。因此，在稀釋消毒藥時一般應使用自來水或白開水。
　　藥物應現用現配，配好的消毒藥應一次用完許多消毒藥具有氧化性或還原性，還有的藥物見光遇熱后分解加快，須在一定時間內用完，否則，很容易失效而造成人力物力的浪費。因此，在進行配制消毒藥時，應認真根據藥物說明書和要消毒的面積來測算用量，盡可能將配制的藥液在完成消毒面積后用完。稀釋好的藥液不宜久儲，一般當天用完為好。
　　必須注意消毒藥的理化性質
　　注意消毒藥的酸堿性酚類、酸類兩大類消毒藥一般不宜與堿性環境、脂類和皂類物質接觸，否則明顯降低其消毒效果。反過來，堿類、堿性氧化物類消毒藥不宜與酸類、酚類物質接觸，防止其降低殺菌效果。酚類消毒藥一般不宜與碘、溴、高錳酸鉀、過氧化物等配伍，防止化學反應發生而影響消毒效果。
　　注意消毒藥的氧化性和還原性氧化物類、堿類、酸類消毒藥不宜與重金屬、鹽類及鹵素類消毒藥接觸，防止發生氧化還原反應和置換反應，不僅使消毒效果降低，而且還容易對畜禽機體產生毒害作用。
　　注意消毒藥的可燃性和可爆性氧化劑中高錳酸鉀不宜與還原劑接觸，如高錳酸鉀晶體在遇到甘油時可發生燃燒，在與活性炭研磨時可發生爆炸。
　　注意消毒藥的配伍禁忌重金屬類消毒藥忌與酸、堿、碘和銀鹽等配伍，防止沉淀或置換反應發生。
　　表面活性劑類消毒藥中，陽離子和陰離子表面活性劑的作用互相抵消，因此不可同時使用；表面活性劑忌與碘、碘化鉀和過氧化物等配伍使用，不可與肥皂配伍。
　　使用消毒藥要避免人畜受到危害
　　1.強酸類、強堿類及強氧化劑類，對人畜均有很強的腐蝕性，因此，在使用這幾類消毒藥消毒過的地面、墻壁等最好用清水沖刷之后，再將動物放進來，防止灼傷動物（尤其是幼畜）。
　　2.凡實施熏蒸消毒時，其產生的消毒氣體和煙霧，均對人畜有毒害作用，就是熏蒸后遺留的廢氣，對人畜的眼結膜、呼吸道黏膜均會造成傷害，故必須將廢氣徹底排凈后，方可放進畜禽；帶畜禽消毒時不宜選擇熏蒸消毒。
　　3.凡有毒的消毒藥均不能進行飲水消毒：酚類、酸類、醛類和堿類消毒藥，均具有不同程度的毒性。因此，這幾類消毒藥不宜用于飲水消毒，也不宜使用這幾類消毒藥來消毒肉品（過氧乙酸除外）。
　　4.用作飲水消毒的消毒藥其配制濃度要準確。能用作飲水消毒的消毒藥主要有鹵素類、表面活性劑和氧化劑類等幾類消毒藥中的大部分品種。但其配制濃度很重要，濃度高了則會對動物機體造成損害或引起中毒，濃度低了起不到消毒殺菌的作用。
　　消毒藥應定期更換
　　使用任何消毒藥，在一個地區、一個畜禽場都不宜長期使用。因為動物機體對幾乎所有的藥物（當然包括消毒藥）都會產生抗藥性。長期使用單一的消毒藥，容易使動物體內及飼養場內外環境中的病原體，由于多次頻繁地接觸這種消毒藥而形成耐藥菌株，其對藥物的敏感性下降甚至消失，使藥物對這些病原體的殺滅能力下降甚至完全無效，致使疫病發生和流行。