由于發酵床內的菌種需要特定的溫濕度環境，加之菌種在分解糞便中的有機物質時產生大量的熱能，豬舍內的溫度和濕度均較高。因此，發酵床養豬技術中豬舍的通風系統的設計是該技術成敗的關鍵技術之一，應重點強調通風、采光。

發酵床養豬豬舍可以在原建豬舍的基礎上稍加改造就行，一般要求豬舍東西走向、坐北朝南、采光充分、通風良好，南北可以敞開，以利于微生物更適宜地生長繁殖。通常每間豬圈面積約25平米，可飼養肉豬15—20頭。如果用溫室大棚養，既省事又省錢，因為大棚造價低，而且小氣候更容易調節。冬天采光好、保溫，豬可以安全越冬；夏天放下遮陽膜，把四周裙膜搖起，可以通風降溫。

在豬欄一側設飼喂槽和飲水器，飲水器下端另加接水容器，將滴漏的水引至舍外，保證不流入墊料區，以防飲水潮濕墊料。

發酵床管理有其獨特的地方，因此平時的管理也要有所不同。

豬的飼養密度：根據發酵床的情況和季節，飼養密度不同。一般以每頭豬占地1.2—1.5㎡為宜，小豬可適當增加飼養密度。如果管理細致，更高的密度也能維持發酵床的良好狀態。考慮到節約床材和省力，夏季飼養密度可為1.2㎡/頭、冬季1.5㎡/頭為宜。

發酵床面的干濕：發酵床面不能過于干燥，一定的濕度有利于微生物繁殖，如果過于干燥還可能會導致豬發生呼吸系統疾病，可定期在床面噴灑益生菌稀釋液。床面濕度必須控制在60%左右，水分過多應打開通風口調節濕度，過濕部分及時清除。

驅蟲：豬只導入前一定要用相應的藥物驅除寄生蟲，防止將寄生蟲帶入發酵床，以免豬在啃食菌絲時將蟲卵再次帶入體內而發病。

密切注意益生菌的活性：必要時要再加入益生菌液調節益生菌的活性，以保證發酵能正常進行。豬舍要定期噴灑益生菌液。

控制飼喂量：為利于豬拱翻地面，豬的飼料喂量應控制在正常量的80%。豬一般在固定的地方排糞、撒尿，當糞尿成堆時挖坑埋上即可。

禁止化學藥物：豬舍內禁止使用化學藥品和抗生素類藥物，防止殺滅和抑制益生菌，使得益生菌的活性降低。

通風換氣：圈舍內濕氣大，必須注意通風換氣。