本病可影響兩周齡到四月齡的青年豬，尤其是5-8周的仔豬最易感染和發病;母豬及種公豬亦可感染，但多以隱性感染為主，表現為慢性跛行。

副豬嗜血桿菌只感染豬，可以影響從2周齡到4月齡的青年豬，多在斷奶前后和保育階段發生，常見于5～8周齡的豬，發病率一般在10%～15%，嚴重時死亡率可達50%。

急性病例往往發生于膘情良好的豬，病豬發熱(40.5～42.0℃)，精神沉郁，食欲下降，呼吸困難，腹式呼吸，皮膚發紅或蒼白，耳部邊緣發紫，下眼瞼水腫，行走緩慢或不愿站立，腕關節、跗關節腫大，臨死前側臥或四肢呈劃水樣，有時無明顯癥狀而突然死亡。

慢性病例多見于保育豬，主要是食欲下降，咳嗽、呼吸困難，被毛粗亂，四肢無力或跛行，生長不良，直至衰竭而死亡。豬群若存在其他呼吸道病，如支原體肺炎、豬藍耳病、圓環病毒病、豬流感、偽狂犬病和豬呼吸道冠狀病毒感染時，副豬嗜血桿菌病的危害會加大，會加劇生產中保育豬的PMWS(斷奶仔豬多系統衰竭綜合征)的臨床表現。

小豬和中大豬。病初期病豬高燒，且持續不退(從發病一直到死亡，病豬持續性高燒)，體溫40.5-42℃(嚴重的可達43℃)，體表皮膚發紅，嚴重者呈醬紅色，個別甚至皮膚壞死脫落。病豬精神萎頓，食欲、飲欲廢絕，畏寒，擁擠而臥，昏睡不醒。呼吸急促，呈腹式呼吸。發病后期，病豬進行性消瘦，皮膚逐漸蒼白，后發青變紫。關節腫大，被毛粗亂(形如刺猬)，耳朵發紺，全身淋巴結，特別是腹股溝淋巴結嚴重腫大。

解剖這類病豬，幾乎都有心包積水和纖維素性滲出性肺炎的特征性病理變化。嚴重者肺臟和胸腔粘連，心肌與心包粘連呈絨毛心。心源性水腫，在離心臟較遠，血液循環較慢的后肢關節腔及關節腔附近皮下，多見淺黃色膠凍樣滲出。

容易繼發沙門氏菌病。目前雖無法準確說明副嗜血桿菌病與沙門氏桿菌病的內在聯系，但發生副嗜血桿菌病的病豬，的確很容易繼發沙門氏桿菌病，表現出又腹瀉又喘氣的癥狀。用抗生素控制住豬副嗜血桿菌后，一旦停止抗生素治療，60%以上的康復豬繼發沙門氏桿菌病。若不及時用藥，病豬將逐漸消瘦，拉糠麩狀帶渣的黃色(后期變為暗紅色甚至黑色)糞便，皮膚蒼白，衰竭死亡。這類病豬大都可見腹股溝皮下密集的紫色出血斑點，有的腹股溝皮下淺表靜脈擴張突出，顏色變藍或發紫。

解剖幾乎都可以見到典型的沙門氏桿菌病癥狀，從結腸到直腸，腸內膜遍布圓形、乳白色、火山樣突出的潰瘍結節，越往后段越密集。切開病灶，有膿性分泌物排出。