傳統的雞糞發酵(露天)達到腐熟的時間常需1～3個月，其周圍惡臭難聞，蚊、蠅大量滋生，環境污染十分嚴重。國內外的研究表明，向雞糞中添加特定的微生物菌群，能有效促進有機物降解，加速雞糞腐熟速度，同時有利于消除致臭物質，減輕對環境的污染。發酵雞糞的微生物菌劑中起關鍵作用的主要微生物有細菌、絲狀真菌、酵母菌、放線菌等，包括纖維分解菌、蛋白分解菌、酵母菌、光合細菌、乳酸菌、除臭菌等多種有益微生物。這些菌群在生長中產生的代謝物質相互利用。在雞糞堆制發酵過程中微生物菌群以輔料為載體與雞糞組成復雜而穩定的微生態系統，能夠快速使雞糞發酵制成肥料或飼料。其中糞便發酵劑在雞糞發酵中的優勢主要表現在以下幾個方面：

一、快速啟動發酵。一般在夏季，經微生物發酵劑處理的雞糞堆肥達到無害化指標的堆制時間一般為20天左右，而自然發酵達到這一指標時間常需60天左右。主要是因為微生物的生長繁殖，使物料中物質發酵降解，縮短堆肥達到高溫階段的時間，并延長高溫期。而在冬季尤其是北方，由于氣溫太低，難以啟動發酵，可以在雞糞中添加發酵劑微生物，便可快速啟動雞糞發酵。

二、消滅病原微生物。在微生物菌劑處理雞糞的過程中，溫度可達65℃～70℃甚至更高，高溫不僅使雞糞等物料快速腐熟，而更重要的是能有效地殺滅其中病原微生物或病毒，其中50℃～70℃的堆溫，持續6～7天，對蟲卵和病原菌。即可達到很好的致死效果，如禽流感病毒，60℃～70℃高溫數分鐘便可致其死亡。

三、去除臭味。在雞糞中添加微生物菌劑，可以有效祛除惡臭氣體。這主要是由于微生物可以將不含氮、硫的有機物質如苯酚、羧酸、甲醛等被分解為CO2和H20；將含氮的有機物氨化為NH3，NH3可被亞硝化細菌氧化為NO2-，再進一步被硝化細菌氧化為N03-；含硫的惡臭物質經微生物分解釋放出H2S，被硫氧化細菌氧化成為硫酸等，使污染物得以去除。

四、酶活性變化。雞糞堆積發酵過程中的一切生物化學過程都是在酶的參與下進行的，酶活性大小反映了有機物料堆制中各種生物化學過程的強度。接種微生物菌劑的雞糞堆肥，由于菌劑中含有較多產纖維素酶、蛋白酶、脂肪酶和過氧化氫酶等酶的微生物。因此，其各種酶活性顯著高于自然堆制。

五、增加肥效。微生物可以分解雞糞中的淀粉、脂類化合物、半纖維素和蛋白質等較易分解的物質以及部分纖維素和少量木質素，其中部分轉化為水溶性碳、氮化合物，同時初期被微生物利用的部分碳、氮源隨著微生物的死亡而被逐漸分解釋放。因此，可以增加糞便中水溶性碳、氮的含量。與雞糞自然發酵相比，由于微生物菌劑產生的各種酶類能催化有機質快速轉化為腐殖態，接種微生物菌劑的堆肥在相同時間里能合成較多腐殖態碳、氮。另一方面，微生物菌劑能產生一些酸性物質，降低雞糞的PH值，減少雞糞發酵過程中氨的揮發，保持較多氮素，提高肥效，保護環境。

六、提高對作物的安全性。尿酸、NH4+-N是雞糞中主要影響作物正常生長的物質，微生物菌劑能促進堆肥中的氮物質向蛋白氮和NH3+-N轉化，減少NH4+-N的累積，能快速消除或減少致使作物生長障礙的物質。

七、可制作成其他動物的粗飼料 。雞糞干物質中粗蛋白占31%～33%，其中有一半以上是尿酸、尿素、肌酸、氨等非蛋白氮以及雞糞本身含有的粗纖維和墊草中的大量粗纖維。所以雞糞是養殖畜、禽、魚的好飼料，但生雞糞中含有寄生蟲卵及一些有毒物質和病菌，不能用生雞糞直接進行飼喂，必須在雞糞中添加微生物菌劑進行高溫發酵處理，才能成為無毒且營養豐富的飼料。