壞死性腸炎是由Clostridium perfringens（產氣莢膜梭菌）產生的毒素引起的。產氣莢膜梭菌生長在肉雞的小腸部位。它是一種細菌，厭氧條件下生長，并生產出能夠抵抗干燥、熱、算以及其他不利條件的孢子。由這種細菌產生的孢子在水、土壤、飼料、糞便以及其他環境內隨處可見。

雖然，少數產氣莢膜梭菌在健康家禽的小腸部位也能普遍發現，但是它們不會致病。在正常情況下，腸道內的有益菌能夠保持腸道內的產氣莢膜梭菌數量很低。但是，當小腸內的條件發生變化時，產氣莢膜梭菌數量會增加，會產生過量毒素導致疾病發生。

任何能對小腸產生刺激的因素都可以導致壞死性腸炎的發生，應激；腸道疾病（尤其是寄生蟲病）；腸道寄生蟲（尤其是線蟲）；霉菌產生的免疫抑制劑（毒枝菌素）；雞貧血病毒；甘保羅病或者馬立克氏病尤其與這種病有聯系。