原生蟲是肉眼看不見的單細胞寄生蟲，包括鴿毛滴蟲和鴿球蟲。鴿毛滴蟲寄生在鴿子的上消化道上，如口腔、咽喉、食道、嗉囊，其傳染途徑可經過飲食或育雛接觸傳播。病鴿在張口時可以看到咽部有許多黃色干酪狀積聚物，影響鴿子的呼吸和飲食，有水樣腹瀉，有的甚至引起器官的壞死。在飲水中按1：1500加入少量碘液或硫酸銅溶液治療。也可用呋喃唑酮0.04%拌料或0.02%飲水，連用3～5天。鴿球蟲病幾乎所有鴿子都能被傳染，但無明顯癥狀表現。成年鴿有一定免疫力，雛鴿患球蟲病往往導致死亡。病鴿表現消瘦，食欲不振，飲水增加，排出綠色稀糞或黑褐色帶血稀糞。治療方法可用0.02%飲水，連用3～5天；亦可用增效磺胺0.02%～0.04%拌料；還可用氯苯胍0.04%拌料。亦可用可愛丹0.0125%～0.025%拌料或飲水。