5月13日，農業部發出緊急通知，成立由孫政才部長為指揮長的農業抗震救災指揮部，啟動救災應急響應，集中力量指導開展農業抗震救災工作。
　　通知要求各地盡快摸清情況，準確判斷災情走勢；搞好市場監測預警，千方百計組織菜籃子產品和短缺農產品調運，確保災區農產品供應不脫銷不斷檔，切實穩定民心。此外，通知還要求災區各級農業部門要隨救災工作的進程，及早謀劃災后重建各項準備工作，同時抓好當前農業生產，最大限度減少災害對農業生產造成的損失。
　　農業部緊急通知表示，防止動物疫病爆發是農業抗震救災工作的關鍵。為此須強化消毒、強化監測、強化無害化處理、強化災后免疫、強化檢疫監督。加強消毒劑等藥劑的儲備調運，通過發放掛圖、明白紙等形式，指導群眾對畜禽圈舍進行全面消毒，及時消滅病源；加大疫情監測報告和流行病學調查，及時排除疫情隱患；嚴格產地和屠宰檢疫，防止病死畜禽流入市場，切實保障人民群眾的身體健康；重點做好禽流感、口蹄疫、高致病性豬藍耳病和豬瘟等疫病的強制免疫工作，從源頭防治重大疫病發生。同時切實加強動物病源微生物菌（毒）種保藏和病料的實驗室管理。
　　農業部通知還表示，一旦災區發生重大動物疫情，要按照相關法律法規，果斷處置，不留死角，努力爭取控制在最小范圍。
　　同日，農業部決定派出以國家首席獸醫師賈幼陵為組長的專家工作組，赴四川指導重大動物疫病防控工作。