《畜牧法》頒布實施以來，我國畜牧業繼續保持了平穩較快發展，畜牧業綜合生產能力也得到了進一步提升，近年來畜產品質量安全水平不斷提高。但檢查組通過與內蒙古、吉林兩省區農業、工商等部門負責同志座談了解到，由于我國畜牧業正處于加快轉變方式的關鍵時期，畜牧業發展總體上還比較落后，畜牧業發展內外部環境正在發生著深刻變化，社會關注度提高，供給敏感性增強，市場波動性加劇，疫病和質量安全風險加大。尤其是受金融危機的影響，畜牧業發展受到一定沖擊。

主要表現在：一是以出口為主的畜產品銷路不暢，產品大量涌入國內市場，價格下滑幅度較大，給企業經營帶來壓力。吉林省畜牧業管理局局長賈濤舉例說，鵝絨出口價格由每噸34萬元下降到11萬元，且銷路不暢；刀翎由每根0.5元下降到0.3元；牛皮革由每張500元下降到200元；牛骨由每公斤1.4元下降到0.6元。

二是由于受良種補貼滯后、必要的生產設施條件投入不足、良種推廣經費短缺的影響，現有良種的生產潛力沒有得到充分發揮。內蒙古自治區農牧業廳廳長陶克反映，內蒙古是全國畜種資源最豐富的省區之一，先后選育和培育了蘇尼特羊、烏珠穆沁羊、呼倫貝爾羊、內蒙古細毛羊、內蒙古白絨山羊、阿拉善雙峰駝等27個優良品種，在提供高檔畜產品和支援區內外畜種等方面，發揮著重大作用。但是種畜場由于公益性強，經濟效益差，生產經營困難，畜牧業標準化、專業化、規模化和集約化發展受到嚴重制約。

三是與“三農”相比，對“三牧”的扶持政策力度小且覆蓋面窄。陶克舉例說，國家種植業良種補貼涉及到大豆、小麥、玉米和水稻等多個品種，而畜牧業僅僅涉及奶牛、生豬兩個品種，而這些補貼在內蒙古草原牧區基本享受不到。據內蒙古行業部門統計，2007年國家和自治區配套農牧業各項補貼和建設資金約50億元，其中農民各項直補資金總計30.8億元，其它獎勵資金和標準糧田基本建設資金7億多元。而畜牧業補貼僅有5項約3.6億元，而且主要是生態建設方面的補貼，涉及牧業牧民直接補貼資金不足0.5億元。綜合計算，農民、牧民直接補貼資金比例約為66:1。為此，錫林郭勒盟行署副署長斯琴畢力格建議，國家在加大種糧補貼等農業補貼的基礎上，也應啟動關系國家生態安全、肉食品安全的草原畜牧業補貼，使已經取得的生態建設初步成果得以鞏固完善。

四是畜牧執法機構不健全，缺乏必要的執法手段。據介紹，目前，各地在畜牧執法方面主要依靠畜牧行政主管部門行使執法職能，沒有專門的執法機構和執法經費，只能是在國家開展專項整治期間行使職權。同時，作為執法部門，卻沒有必要的執法工具。

五是法律規定的保障措施有待進一步落實。《畜牧法》明確規定，“國務院和省級人民政府應當在其財政預算內安排支持畜牧業發展的良種補貼、貼息補助等資金”，“縣級以上人民政府應當保障國家設立的畜牧獸醫技術推廣機構從事公益性技術服務的工作經費”等，但是，國家在畜禽遺傳資源保護投入上嚴重不足。畜禽良種補貼政策只是局限于奶牛、生豬，而其它畜種得不到補貼，特別是草原牧區。基層畜牧獸醫技術推廣機構由于長期經費不足，設施設備落后，隊伍整體業務素質不斷下降，服務能力減弱。

其實，在吉林、內蒙古存在的這些問題，在全國各地都不同程度地存在著。

針對上述問題，吉林、內蒙古相關部門建議國家建立畜產品儲備制度、最低保護價制度，參照糧食生產國家建立的儲備制度和最低保護價制度，盡快建立肉類、奶業、絨毛等主要畜產品儲備制度和最低保護價制度，使畜產品與農產品享受同等的待遇；認真貫徹落實《畜牧法》等配套法律規定扶持畜牧業的措施，積極督促各級政府部門落實相關經費，切實保障畜牧業持續、健康發展，特別是要加強草原畜牧業的投入，在加強草原生態保護的同時，促進草原畜牧業現代化建設；加強執法隊伍建設，落實執法經費。各級政府要高度重視執法隊伍的建設工作，落實機構和人員編制，將執法經費列入財政預算；在動物疫病防控服務體系、畜產品質量安全監管體系、畜牧業技術服務推廣體系、牧區信息化體系建設以及草原監理體系等社會化服務體系方面加大基礎設施、技術裝備、工作補貼等方面的支持力度。