為貫徹落實全國秋季重大動物疫病防控工作會議精神，科學評價各地防控工作，中國動物疫病預防控制中心按照《農業部辦公廳關于開展2009年秋季全國重大動物疫病防控情況檢查的通知》要求，細心制定實施方案，精心組織檢查活動，除免疫抗體檢測工作正在進行外，其他各項檢查工作已全面完成。

11月8日，中國動物疫病預防控制中心副主任王功民在檢查工作布置會上，對95人組成的32個檢查組，介紹了這次秋防大檢查的新內容、新組織形式和新機制，要求被檢查省獸醫部門和各檢查組充分認識檢查活動的意義，高度重視檢查工作。要求各檢查組在檢查工作中堅持“四嚴”原則，即“嚴密組織”、“嚴格檢查”、“嚴肅紀律”、“嚴謹結論”。布置會結束后，各檢查組奔赴各地開展秋防檢查工作。

11月13日，秋防大檢查工作總結會在北京召開，農業部獸醫局局長李金祥、副局長李長友出席會議，王功民主持會議。在聽取了32個檢查組關于各地秋季重大動物疫病防控工作情況的匯報后，李金祥對秋防及秋防檢查工作給予了充分肯定，要求各地各級獸醫部門繼續保持高壓態勢，確保疫情穩定；加強檢疫監管，防止疫情擴散；進一步強化疫情報告制度；加強對豬群流感病毒的監測；加大人畜共患病防控力度。

本次檢查活動共檢查了31個省份和新疆生產建設兵團的32個縣市、64個鄉鎮、64個村、187個規模養殖場（包括活畜禽交易市場或屠宰場）和879戶散養戶。國家疫控中心抽調31名人員赴各地直接實施血樣采集工作，抽取家畜血清3354份、家禽血清3166份，采樣完成48小時內將血樣送達國家疫控中心，確保樣品真實，結果可靠，目前血清抗體檢測工作正在緊張進行之中。