近年來，農業部堅決貫徹落實《農產品質量安全法》、《食品安全法》，一手抓檢驗檢測體系建設，一手抓監測工作深化，有力地提升了農產品質量安全監管能力。監測結果顯示，按2008年同口徑統計，2009年全年蔬菜、畜禽產品和水產品合格率為96.4%、99.5%、97.2%。我國農產品質量安全水平穩步提升，總體狀況向好。目前，全國已有31個省（區、市）和計劃單列市建立了監測制度。通過完善監測數據匯總分析和預警機制，建立質量安全形勢會商機制，形成抽檢分離制度和檢打聯動機制，初步杜絕了不合格農產品入市。

我國農產品質量安全監測工作，起步于2001年，目前，在全國省會城市和主要農產品產區，普遍推行對重點農產品和農業投入品，在產地、批發市場和超市各環節，開展例行監測、普查和監督抽查的農產品質量安全監測制度。重點工作一是不斷深化例行監測。2009年，監測產品種類從4類增加到10類，參數從30項增加到68項，范圍從36個擴大到259個大中城市。截至2009年底，共檢測蔬菜樣品11.5萬個，畜產品7萬個，水產品2萬個，獲得有效數據225萬個。二是扎實開展農產品質量安全隱患普查。自2000年起，農業部每年均對10多種農產品和農業投入品實施質量安全普查，已獲得數十萬個可溯源的基礎性數據。三是強化監督抽查和執法處罰。自《農產品質量安全法》頒布實施以來，結合專項整治，共開展了10次較大規模的監督抽查，抽查樣品近3萬個，產品涵蓋蔬菜、水果、食用菌、生豬產品、雞肉、禽蛋和水產品。

2007年，農業部啟動實施了《全國農產品質量安全檢驗檢測體系建設規劃》，自規劃實施以來，共建設各級農產品質量安全檢驗檢測機構達507家，質檢機構總數已達2228家，可檢測農產品參數達3.6萬多個，部、省、地、縣四級各有側重，相互補充的檢測網絡體系初步形成。