5月18日，日本宮崎縣知事東國原英夫召開記者會，就該縣口蹄疫疫情擴大問題，宣布進入緊急狀態。他表示：“目前無法阻止疫情擴大。不排除將蔓延至整個九州甚至全國的可能性。”

截至18日，日本宮崎縣內發生口蹄疫疫情的農場已達126處，被宰殺的牛和豬超過11.4萬頭，但疫情尚未擴大到其他縣。此次疫情在日本國內造成的損失程度前所未有，目前尚無平息的跡象。

宮崎縣政府日前宣布，統一管理“宮崎牛”這一知名品牌種牛的該縣家畜改良事業團（高鍋町）發現了5頭肉牛疑似感染口蹄疫，因此將處理259頭肉牛和49頭種牛（有報道說，宮崎縣總共只有55頭種牛）。據JA宮崎中央會會長羽田正治指出，口蹄疫造成的經濟損失總額估算約160億日元（約合11.8億元人民幣）。

18日，日本農林水產大臣赤松廣隆在內閣會議后對記者表示，“正在研究各種措施”防止疫情繼續擴大。他談到可能采取的手段包括：在疫區使用疫苗、在尚未出現感染家畜的農場也實施預防性全面宰殺等。

日本家畜專家指出，疫情正在擴大，對家畜的處理跟不上是個大問題。18日晚，日本農林水產省召集專家會議，一部分專家認為應考慮使用疫苗，疫苗會緩解口蹄疫的癥狀，避免家畜的進一步感染。但也有專家認為，如果使用疫苗的話，不能區分已感染的家畜和接種了疫苗的家畜，不好采取進一步的應對措施，也不能確定感染源。農林水產省將根據專家意見，與宮崎縣進行協商后采取對策。

由于口蹄疫疫情持續擴大，日本政府決定成立由首相鳩山由紀夫領導的對策總部，政府向宮崎縣派遣工作組，農林水產省副大臣山田正彥和首相助理小川圣也等官員將常駐宮崎縣進行一線指揮，盡全力防止疫情進一步擴大。

工作組由三個小組組成，分別負責防止疫情擴大、向農戶等提供經濟援助以及相關部門間的協調。政府還在研究如何加大防疫力度，包括增設消毒點和強化在高速公路附近的消毒。此外，向蒙受損失的農戶發放補貼及簡化相關手續等工作也將盡快落實。

東國原還要求疫區的普通居民盡量減少不必要的外出，并提議即使在疫區以外，大量人員聚集的活動及會議也要“盡可能延期”。東國原宣布緊急狀態并無法律依據，他表示“現階段只是為了提醒縣民認識到事態的嚴重性”。

日本農林水產省官網介紹，今年4月20日，在宮崎縣發現第一例口蹄疫的疑似病例，之后，在宮崎縣的五個市鎮的農場接連出現疑似病例。宮崎縣政府表示，3月底該縣都農町某農場的獸醫曾向家畜保健衛生所報告，稱“農場的水牛出現不明原因的腹瀉癥狀”。衛生所立即前往檢查，采集了糞便樣本等，但未發現水牛有口腔潰爛等口蹄疫典型癥狀，因此沒有進行基因檢測。隨后，在對3月底采集的樣本進行基因檢測時，發現了口蹄疫呈陽性反應。

有意見認為，如果及時進行了基因檢測，衛生所就可能盡早發現水牛疑似感染病例。未進行基因檢測最終導致了日本錯失盡早采取對策的良機。

據日本媒體報道，宮崎縣日前爆發的豬、牛感染口蹄疫的病毒與香港今年早些時候確認的疫情病毒99.22%一致。

日本農林水產省委托英國的研究機構對病毒的基因排列等情況進行分析對比，結果發現，宮崎縣的病毒還與韓國的病毒98.59%一致。

農林水產省表示“有關感染源與傳播途徑尚無可奉告”，但病毒如此相似使疫情經由上述某些地區傳入日本的可能性再度上升。

一位分析人士對《財經》記者指出，口蹄疫疫情擴大后，日本政府才改變了“官房長官平野博文曾表示應對沒有遲緩”的態度，于17日成立了由首相鳩山由紀夫直接領導的對策本部。而且，農林水產大臣赤松廣隆在得知宮崎縣的口蹄疫疑似病例后，還于4月30日出訪中南美，5月8日回國后，并沒有直接去疫區，因此輿論對赤松的批評聲也較大。“就口蹄疫疫情的政府應對方面，鳩山政府也有應對失誤之處。”