為了確保舟曲災區農畜產品質量安全，省州縣農牧系統抗洪救災前線指揮部實行駐村到戶屠宰檢疫制度，加強肉品質量安全監管。

省州縣農牧系統抗洪救災前線指揮部根據舟曲縣無定點屠宰場，肉品供應主要由縣城周邊的13戶屠宰戶屠宰供應和外調的實際，制定了《舟曲縣搶險救災期間及災后肉品質量安全監管實施細則》，實行駐村到戶屠宰檢疫制度。在省、州動物衛生監督所的指導下，舟曲縣動物衛生監督所每天派出4名檢疫人員，對縣城周邊5個村的13個屠宰戶屠宰的生豬等動物到戶開展宰前檢疫和屠宰同步檢疫，截至9月5日，共檢疫生豬214頭、羊58只、牛2頭、雞370只。

同時，加強對城西、城東2個農貿市場、20個賓館、飯館和災區群眾安置點、3所學校食堂的肉品監管。累計防疫消毒面積達到21.09萬平方米，監督并銷毀了病害肉130公斤，無害化處理因災死亡動物尸體1020具。