一、農村養殖戶缺乏技術

長期以來中國農村生產模式還是以傳統的農業生產為主，小規模生產，自然經濟仍占居一定的主導地位。在養殖業方面則體現為以散養為主，處于家庭生產的副業地位。這種散養模式與科學化、規模化、集約化生產的現代養殖業相比相距甚遠。散戶養殖生產設備、生產技術以及生產條件相對落后，尤其在思想意識方面不能適應現代化養殖業的需要。大部分散戶養殖戶仍舊把農業養殖當作家庭收入的一個補充形式，加之這些養殖戶文化水平相對較低，接受現代化的專業養殖技能比較困難，這也成為在農村大規模發展養殖業的一大障礙。

二、環境污染嚴重

畜牧養殖所產生的大量糞尿如果處理不好，則直接造成對當地環境的污染和破壞。現今無論是大規模的現代化養殖場還是小規模的家庭散戶養殖，對畜禽的糞尿處理還缺乏相應的環保措施和廢物處理系統，糞便未經處理直接大批量的露天堆放或是直接排入河流，造成對家畜和環境的污染，同時這些大量放置的糞尿也造成了一些人畜疫病的發生。現有解決方法一般為水沖式和沼氣利用。采用水沖式清糞則需要大量的處理污水，這些污水如能經過分離后排入農田的話可以達到利用效果，如直接或間接排入河道，對地表水的污染也很嚴重。另外，畜禽糞便發酵后產生大量的CO2、NH3、H2S、CH4 等有害氣體，如果直接排放到大氣中，則會危害人類健康，加劇空氣污染，引起地球溫室效應。但收集利用加工成沼氣的話將實現再利用。

三、飼料資源短缺

長期以來，我國畜牧業的發展主要依靠糧食生產。雖然我國糧食總產量有一定程度增長，但增幅不大。同時我國人口也在增長，加之畜牧養殖用地因各種原因逐年減少，加之我國糧食產量相對下降的現實，畜牧業的發展實際上已經受到糧食產量的制約。畜牧業飛速發展導致飼料用糧大幅上升，目前我國的飼料用糧約占糧食的1/3，則存在著人畜爭糧的問題，這種飼糧短缺的情況嚴重制約了畜牧業的可持續發展。

四、畜產品藥物殘留高

隨著抗生素、化學合成藥物和飼料添加劑等在畜牧業中的廣泛應用，在實現降低動物死亡率，縮短動物飼養周期，促進動物產品產量的增長的同時，同于操作和使用不當以及少數養殖戶在利益驅使下違規違法使用，造成畜產品中的獸藥及一些重金屬、抗生素等危害人體健康的獸藥殘留增加，使畜產品的安全問題引起社會的關注。

五、科學技術研究與推廣不力

我國傳統的畜牧養殖技術已經跟不上現代化的畜牧養殖要求，雖然我國在畜牧養殖方面的科技研究工作一直很受重視，但是長期以來我們的科技研究成果轉化率不高，一些地方政府對科研成果的轉化工作沒有足夠的意識，許多“高產、優質、高效”的畜產品培育技術的利用只停留在口頭上，沒有與畜牧業資源有效利用。此外，我國從事畜牧業生產的人員素質普遍偏低，使畜牧業養殖技術推廣困難，阻礙了畜牧業可持續發展的進程。