早在本世紀初（1907年）著名細菌學家梅切尼科夫即提出飲用酸奶可以延年益壽的假說，而微生態制劑真正用于防治疾病卻是近20年的事。
    日本是世界上研制開發和利用微生態制劑較早的國家之一，其產品主要是雙歧桿菌活菌制劑。在70年代初，已將雙歧桿菌活菌制劑用于臨床治療腹瀉。至80年代中期已有26種產品，90年代已達到飽和狀態。據報道至今在日本生產這類制劑年產值達200億日元以上的企業已有10余家。其品種分3大類，即雙歧桿菌食品（包括雙歧酸奶，雙歧桿菌乳制品、雙歧桿菌面包及餅干類）。雙歧桿菌保健食品（含雙歧因子），以雙歧桿菌促生因子為中心的特定保健食品（包括強化寡糖類食品及雙歧桿菌、乳桿菌培養物的提取物等）和雙歧桿菌藥品（包括單菌制劑和聯菌制劑），其劑型有粉劑、顆料劑、錠劑、膠囊劑和微膠囊劑等多種。其他許多國家，例如德國、美國、法國、意大利、荷蘭、英國、俄羅斯和韓國等亦都有不同類型的微生態制劑的產品，有的產品近年來已進入我國市場。
    我國微生態制劑在水產養殖業中的應用研究始于20世紀80年代初期，最早應用于水產養殖業的微生態制劑是“光合細菌”，主要是用于調節養殖水質，同時也在光合細菌的培養擴增技術、干法和濕法保存技術及應用效果方面做了大量工作；其后，水產養殖用微生態制劑的研究和開發領域與內容也更加廣泛，到目前為止，已有乳桿菌屬、雙歧桿菌屬、弧菌屬、假單孢菌屬、芽孢桿菌屬的眾多種類及硝化細菌、光合細菌等應用于水產養殖業。
在水產養殖界最早用于大生產的是“光合菌”，隨著科學技術的進步與發展，用于大生產的品種越來越多，如：美國的麥克可林，BZT、泰國的“百安威”、美國技術泰國生產的“愛科瑪利”等等，我國最早投入市場品種有“西菲利”，特別是2000年以后發展很快的品種很多，有“益水素”、“利生素”、“EM”等等舉不勝舉。
    微生態制劑近兩三年來已引起人們的普遍關注，其在水產養殖中的作用越來越大，效益越來越高，微生態制劑的廣泛應用是對以使用消毒劑和抗菌素為主的傳統養殖模式一次技術革命。