在一些常用飼料原料中，都不同程度地含有某些有毒成分。這些物質，有的阻礙畜禽營養物質的消化吸收，有的則是干擾畜禽的正常代謝。飼料毒物的毒性，不僅取決于它本身的毒力，且在很大程度上還取決于它在飼料原料中的含量。

當飼料原料中的含毒物質低于中毒臨界水平時方可安全飼用。相反，當飼料原料中的含毒物質高于中毒臨界水平時，則會危害畜禽健康，甚至還可能造成中毒和死亡。因此，了解飼料原料中的有毒成分的性質和特性，對于確保畜禽安全十分重要。

胰蛋白酶抑制因子在許多飼料原料中，都存在著一類叫做胰蛋白酶抑制因子的物質。這類物質在生化結構上是由氨基酸殘基組成的多肽，如果它們在胃內不被破壞，則進入小腸后與胰蛋白酶結合形成復合物，使胰蛋白酶失去活性。這種復合物在小腸內不會被分解，進入大腸后可被微生物降解，或者隨糞便排出體外。因此，胰蛋白酶抑制因子不僅阻礙蛋白質的消化，還會使部分飼料蛋白質損失。經過高溫處理(加熱到100℃)，可使胰蛋白酶抑制因子的結構遭到破壞，所以在熱榨豆餅中胰蛋白酶抑制因子可降到3.4μg/克，基本上消除這種有毒物質，可以放心飼喂。

致甲狀腺腫物質在高產油菜品種的菜子中，芥子苷的含量高達10%～13%。該物質在飼料或動物體內芥子苷酶的作用下，可產生唑烷硫酮、硫氰酸酯和異氨酸酯等物質。這類物質通過消化道被畜禽吸收后，可阻礙甲狀腺利用血液中的碘離子，使甲狀腺素(三碘酪氨酸和四碘酪氨酸)合成受阻，引起甲狀腺腫大和整個機體代謝紊亂。因此菜子餅雖然營養豐富，但其飼用價值卻受到限制。目前已廣泛應用畜禽菜子餅(粕)解毒添加劑。經過解毒處理的菜子餅(粕)在配合飼料中的添加比例可提高到20%，經濟效益和社會效益都很顯著。此外，卷心菜和花椰菜等青飼料中，也含有致甲狀腺腫物質，但不過量飼喂或短期飼喂不會引起畜禽甲狀腺腫現象。

棉子酚棉子餅中含有游離棉酚、棉酚紫和棉綠素等有毒物質，其中以游離棉酚為主，在棉子餅中的含量范圍是0.07%～0.24%。棉酚的毒害作用是引起畜禽機體組織損害并降低繁殖機能。在棉子餅中加入硫酸亞鐵，可有效地消除棉酚的毒害作用。

植物性血凝素這類物質主要存在于豆科植物中，可引起畜禽血細胞凝集。植物性血凝素經熟熱處理后，可破壞其組織結構，安全飼喂。

皂角青在某些豆科牧草和菜子餅中含有皂角青的主要成分皂角苷。豬雞等過多采食可引起生長不良和中毒等現象。

草酸鹽在某些青綠飼料(如莧菜、菠菜等)中，草酸和草酸鹽的含量較高。在消化道內，草酸能與鈣結合成不溶性化合物-草酸鈣，從而阻礙鈣的吸收利用。因此，對富含草酸鹽的青綠飼料，飼喂量應嚴加控制，以免發生低鈣癥。

霉菌毒素在畜禽飼料中，除了注意飼料原料中的有毒物質外，還必須防止飼料霉變。一些富含蛋白質的飼料是黃曲霉、灰霉等產毒霉菌生長的良好基質。畜禽的黃曲霉毒素中毒，表現為食欲或飲水廢絕，脫水昏睡，繼而發展為肝臟受損和黃疸。某些谷物飼料霉敗后，可產生橘霉素、檸檬色霉素、T2霉素和玉米赤霉烯酮等毒素。這些毒素會引起腎臟和肝臟損害、繁殖機能下降，甚至造成死亡。三葉草在發生霉變時，所含的香豆素轉化為雙香豆素，拮抗維生素K，可導致畜禽發生維生素K缺乏癥。