無公害養豬選用獸藥必須選擇具有《獸藥生產許可證》和產品批準文號的生產企業，或者具有《進口獸藥許可證》的供應商。使用獸藥時還應遵循以下原則：允許使用消毒防腐劑對飼養環境、廄舍和器具進行消毒，但應符合相關的規定。
優先使用疫苗預防動物疾病，但應使用符合《中華人民共和國獸藥規范》二部收載的用于生豬進行免疫接種，同時應符合相關的規定。
允許使用《中華人民共和國獸藥典》二部及《中華人民共和國獸藥規范》二部收載的用于生豬的獸用中藥材、中藥成方制劑。
允許在臨床獸醫的指導下使用鈣、磷、硒、鉀等補充藥、微生態制劑、酸堿平衡藥體液補充藥、電解質補充藥、營養藥、血容量補充藥、抗貧血藥、維生素類藥、吸附藥、瀉藥、潤滑劑、酸化劑、局部止血藥、收斂藥和助消化藥。
慎重使用經農業部批準的擬腎上腺素藥、平喘藥、抗(擬)膽堿藥、腎上腺皮質激素類藥和解熱鎮痛藥。禁止使用麻醉藥、鎮痛藥、鎮靜藥、中樞興奮藥、化學保定藥及骨骼肌松弛藥。
允許使用的抗菌藥和抗寄生蟲藥，其中治療藥應憑獸醫處方購買，豬e網網友建議還應注意以下幾點：嚴格遵守規定的用法與用量。休藥期應遵守規定的時間，如驅蟲藥伊維菌素，使用針劑時休藥期為18天，而使用預混劑的休藥期為5天。未規定休藥期的品種如抗菌藥硫酸慶大、小諾霉素，休藥期不應少于28天。建立用藥檔案，保存免疫程序記錄。禁止使用未經國家畜牧獸醫行政管理部門批準的、用基因工程方法生產的獸藥。禁止使用未經農業部批準或已經淘汰的獸藥。
