為做好重大動物疫病防控工作，農業部高度重視防控科技工作，積極組織國家參考實驗室等單位開展重大動物疫病新型疫苗和診斷技術研究開發工作。經過廣大科研人員艱苦努力，多種新型重大動物疫病疫苗及診斷試劑相繼研制成功，并已大面積推廣使用，對我國乃至世界禽流感等重大動物疫病防控起到了積極推動作用。有關國際組織對我國禽流感防控工作在全球和區域發揮的作用及我國疫苗科研水平給予了高度評價。
　　我國擁有H5N1和H5N2兩種H5亞型禽流感滅活疫苗的完全自主知識產權，并實現產業化生產，減少和挽回經濟損失318億元。“十五”時期，中國農科院哈爾濱獸醫研究所研制出以禽流感疫苗為代表的一批動物疫苗，為全國畜牧業生產做出特殊貢獻。目前已研制出的國際上最新型H5N1基因重組禽流感滅活疫苗，集良好的生物安全性、抗原匹配性和雞胚適應性于一身，免疫效力更強，成為世界上第一個大規模應用的基因工程禽流感疫苗，也是目前唯一證實可誘導水禽產生有效免疫保護的禽流感疫苗。它不僅優于原有的H5N2疫苗，而且優于目前所有傳統方法研制的H5亞型禽流感疫苗，為未來流感疫苗的研制提供了新的思路。2005年10月，中國農科院又在國際上首次研制出禽流感-新城疫重組二聯活載體雙價疫苗。該疫苗可以收到一次免疫預防兩種重大禽病的效果，其安全性更高、使用更方便,成本更低廉。該疫苗的推廣應用，將大大提高我國高致病性禽流感防控工作的水平。
　　2006年6月，國家禽流感參考實驗室疫苗研制和診斷技術研究取得新突破，三種新型禽流感疫苗和一項禽流感診斷技術研制成功。新研制成功的三種疫苗分別是新型禽流感（H5N1）標記滅活疫苗、密碼子優化H5亞型HA基因禽流感DNA疫苗和禽流感重組亞單位疫苗，其中新型禽流感（H5N1）標記滅活疫苗為國際首創，該疫苗可經血清學方法區分自然感染和疫苗免疫產生的免疫反應，高效安全。這三種疫苗聯合使用，優勢互補，將為我國根除高致病性禽流感提供堅實的技術保障和物質保障。新研制成功的H5亞型禽流感快速診斷免疫試紙條，在現場條件下，僅用十幾分鐘，即能快速檢測出H5亞型禽流感病毒。國家口蹄疫參考實驗室科研人員經過艱苦努力，成功完成口蹄疫三價滅活疫苗實驗室研究工作，經試驗證實，具有良好的安全性和免疫效果。與傳統疫苗相比，三價滅活疫苗具有如下優越性：一是制苗用毒株特性優良，免疫原性好，抗原譜廣，對實驗動物和制苗材料具有良好適應性；二是效率更高，一次接種可同時預防3個血清型口蹄疫病毒的侵襲；三是減少應激反應，與現有疫苗相比，應用三價疫苗免疫可避免多次注射，減少因多次注射引起的應激反應。
　　2007年4月，中國動物疫病預防控制中心、中國獸藥監察所科研人員研制出新型高致病性豬藍耳病滅活疫苗，實驗室保護率超過80%，為高致病性豬藍耳病的防控工作提供了有力的支撐。
　　我國正全面進行重大動物疫病（包括人畜共患病和新的疫病）的生物高技術疫苗和診斷試劑的研究，同時研制開發與疫苗相配套的重要畜禽疫病診斷試劑盒、快速診斷試紙條、新型疫苗佐劑、耐熱凍干保護劑等，推出一批具有國際競爭力的產品，建立起流行病學數據庫、疫苗毒種庫和疫情信息庫，進而發展疫情預警預報和咨詢系統，使動物疫病監測與控制技術系統化、集成化、信息化。