菜籃子工程成立之初，就配套比較嚴格的制度，實行“菜籃子”市長負責制。近年更多通過市場和經濟手段來調節穩定市場骨干企業，保證菜籃子產品的平穩供應。2012年中央財政安排“菜籃子”產品生產的資金超過166.8億元，其中用在蛋奶肉等畜牧業項目上的補貼資金高達31億元。

根據《廣東省2012年扶持菜籃子產品生產項目(畜牧業)實施方案》，從事“菜籃子”產品(肉、菜、果、蛋、奶、水產品)的生產、加工、儲備、流通的企業，保證廣東省“菜籃子”產品供應，經營規模和指標達到規定標準，經過省“菜籃子”管理機構認定就可以成為廣東省“菜籃子”基地。十二五期間廣東省菜籃子辦公室將認定并重點扶持300個。經認定和公示的的省“菜籃子”基地按規定享受有關扶持優惠政策，每個獲得認定補助的生豬標準化養殖場還能獲得獎勵約50萬元、肉牛標準化養殖場獎勵約75萬元、肉雞、蛋雞標準化養殖場獎勵約30萬元。