退水時和退水后要徹底打掃禽舍，用清水反復沖洗地面、墻壁、養殖架和雞籠等上的糞便和污泥，將清洗好的用具搬到室外，在陽光下暴曬3天～4天，用2%燒堿液或10%生石灰加1%燒堿混合液噴灑墻壁、地面、禽舍空間、雞籠和其它用具進行消毒；也可對上述地方和用具噴灑3%來蘇爾或0.02%～0.03%過氧乙酸液等后密封禽舍消毒1天～2天。禽舍四周和禽舍外墻面也要徹底清掃，將禽糞等污物運至距禽舍250米～500米外深埋、焚燒或堆積密封發酵進行無害化處理。禽舍四周和外墻面清掃后及時噴灑2%～3%燒堿液或0.02%～0.03%過氧乙酸液等消毒。清掃、沖洗和消毒必須周到、仔細，做到不留死角。抓實疫苗的接種和補種洪水中混有許多種使家禽致病的病原物，這些病原物隨洪水進入到禽舍的每一個角落，很難徹底清除，加上受淹家禽多數飼養管理等欠佳，它們的體質和抗病力下降明顯，極易引起新城疫、禽流感、禽霍亂和禽大腸桿菌病等疾病的發生，所以，一定要做好洪災后疫苗及時接種或補種工作。洪災后疫苗接種或補種應在家禽重新入舍之前做好。保證供應清潔飲水洪災過后水源污染嚴重，很難找到清潔飲水，這也是造成洪災后家禽疫病暴發的重要原因之一。

為保證家禽能飲用到干凈的水，家禽少時可采用水燒開后待涼再飲的方法，也可用2.75%百菌消按1：2500或25%漂白粉每1000升水中加入7克～10克等進行飲水消毒，有很好的防控疫病效果。在飲水消毒的同時，每天還要對飲水器和水槽等消毒1次。為增強家禽的體質，提高抗病力，可按說明書在飲水中加入速補-18或速補-14等。重視維生素等的使用，以增強家禽抗病能力適量補充維生素A、維生素E、維生素D、維生B等，可以增強家禽體質和抗病能力。洪災后，可按說明書在家禽飼料中加入適量上述維生素，能起到很好的防病效果。乳酸稈菌制劑、雙岐桿菌制劑和芽孢桿菌制劑等有促進家禽生長和抑制大腸桿菌、沙門桿菌等腸道病菌的作用，可調節家禽體內的微生態環境，起到抗病、提高飼料利用率等作用，洪災過后養殖戶可按飼料量的0.1%～0.2%拌料飼喂。