在這次“南粵水更清”行動計劃中，對畜禽養殖污染的治理是十分重要的一個方面。對此，農業部門就表示將通過進一步擴大禁養范圍、推廣集中飼養等方式，從源頭上防止畜禽養殖對水域造成污染。
　　從2008年開始佛山南海區就已經著手畜禽養殖污染整治工作，到2011年，全區已關停畜禽養殖廠4330個，搬遷生豬41萬多頭，拆遷畜禽欄舍面積160萬平方米，但是由于當初并沒有將全部主干河涌的周邊納入禁養范圍，導致邊遠地一些依河而建的畜禽養殖場依然存在。
　　區農林漁業局強調，所有禁養區內的畜禽養殖場必須在10月31日之前完成搬遷，而對適養區內一些符合條件的養殖場，將推廣集中飼養、集中治污。