養豬成本在很大程度上取決于豬場對疾病的管理能力。提高豬群健康水平可促進生長、降低死亡率、減少藥費、提高飼料轉化率和增加出欄重。生殖疾病對養豬成本的影響繁殖是豬場管理中最關健的環節之一，繁殖效率主要取決于受精率、同窩仔豬數和空懷天數。而這些生產指標都受母豬管理、營養、遺傳、疾病，及公豬生育力、精子質量、環境和管理因素的影響。母豬管理方案如子宮頸處理、公豬采精和受精前后的處理、確保母豬的適當體型(體重和背膘厚度)及懷孕、妊娠、哺乳各期的營養方案對母豬的繁育能力都會有顯著的影響。影響繁殖效率的重要原因是與生殖有關的各種疾病。為了確定造成繁殖效率低下的原因，豬場管理者須熟悉和了解影響繁殖性能的各種疾病。常見的疾病有鉤端螺旋體、細小病毒、偽狂犬病毒和PRRS等。治療繁殖疾病，不僅要鑒定和處理病原，還要查出造成感染的可能途徑。治療方案包括使用金霉素(泌乳期用量為600ppm，妊娠期用量為1200ppm)，或在產仔后肌肉注射前列腺素F2α以阻止殘留胎膜引起的感染，以及使用各種相應的疫苗。由于豬的繁殖能力的提高，每窩產仔數會增加，所需母豬數減少和母豬飼養的固定成本減少。但是，由于每窩仔豬數增加，可能造成空間不夠和由此引起的生長速度減慢、需要額外的勞動力及出欄重可能會下降(通常會降低利潤)。呼吸疾病對養豬成本的影響呼吸系統疾病會降低生產性能和產肉量10-50%，影響程度依養豬生產系統、病原和給藥方案的不同而異。引起呼吸系統疾病的病原包括支原體、胸膜肺炎放線桿菌和PRRS病毒。它們會引起肺泡破裂融合、胸膜炎和膿腫。生產管理方式(如全進全出)、早期隔離斷奶、通風狀況和存欄密度等都會影響疾病在不同豬群間或同群豬內傳播。注射疫苗可防止或延遲呼吸系統疾病的出現，接種支原體疫苗和胸膜炎放線桿菌疫苗對提高豬群的整體表現效果明顯。在一個接種支原體疫苗的試驗中，接種疫苗的豬比未接種的豬改善生產效率可達31.1%，所生產的豬肉更能滿足市場需要。抗生素如四環素、泰樂菌素通常用于治療出現臨床癥狀的豬。通過注射或通過飼料或飲水喂給動物。

試驗曾用金霉素(15mg/kg體重)混于飼料中飼喂給豬以控制支原體病，結果22周出欄時，經過治療的豬(105kg)比未經治療的豬(82kg)重23kg，即使算上所花的藥費，生產者仍可獲得1：8.5的投入產出比。消化道疾病對養豬成本的影響消化道疾病可發生在任何年齡的帶有病原菌的豬身上，這類疾病能影響不同年齡的豬群。剛斷奶的仔豬會受不同血清型的大腸桿菌感染。10-14天的小豬也會感染球蟲病。進入生長階段的中豬可能會受勞森氏菌、多毛短螺旋菌等病原菌感染而發生痢疾。飼料中的營養成分對預防這些疾病起了很重要的作用。能量水平、病原微生物和飼料酸性會影響斷奶仔豬的腹瀉病，飼料中含有適量的纖維素也可降低痢疾的發生。飼料顆粒大小會影響腸道潰瘍的發生率。口服或注射疫苗可防止多種消化道疾病。抗生素如金霉素、新霉素、阿莫西林、泰樂菌素、桿菌肽和安普霉素可控制這些疾病。許多試驗表明，金霉素以20mg/kg體重的比例添加了飼料時對控制豬回腸炎十分有效。隨著科學研究的發展，還可通過遺傳方式控制胃腸道疾病的發生。環境溫度變化對養豬成本的影響豬只的健康狀況除了外部環境之外，其內部因素—自身的免疫能力也是至關重要的。豬只的免疫能力與營養的關系十分密切。動物在當環境溫度發生很大改變和因病原菌的侵入而需要啟動免疫系統時需要消耗大量的能量和營養。從管理豬的角度來看，確保豬舍平衡及適當的環境溫度，可以使豬只的健康狀況良好，從而降低豬場的管理費用。